Σκοπός του Τμήματος Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Α.Π.Θ. είναι η εκπαίδευση των φοιτητών της και η παραγωγή υψηλού επιπέδου ιατρικού επιστημονικού δυναμικού για τη χώρα. Επίσης, στόχο αποτελεί η παραγωγή αξιόλογου ερευνητικού έργου, τόσο αυτοδύναμου, όσο και σε συνεργασία με άλλα ερευνητικά κέντρα της Ελλάδας και του εξωτερικού. Γίνεται προσπάθεια, η επαφή με την ερευνητική διαδικασία να αρχίζει ήδη από το διάστημα της προπτυχιακής εκπαίδευσης των φοιτητών, με τη συμμετοχή τους σε διάφορα ερευνητικά προγράμματα των Εργαστηρίων και των Κλινικών, τα αποτελέσματα των οποίων παρουσιάζονται, κυρίως, στο Επιστημονικό Συνέδριο του Τμήματος Ιατρικής (ΕΣΙΣΑΠΘ) που διοργανώνεται κάθε δύο χρόνια.
Βασικός εκπαιδευτικός στόχος του Τμήματος είναι, πρώτα από όλα, η μετάδοση στους φοιτητές των ηθικών αξιών, που διέπουν την άσκηση του ιατρικού επαγγέλματος-λειτουργήματος, και η εξασφάλιση των επιστημονικών γνώσεων, που θα τους επιτρέψουν να διαγιγνώσκουν και να διαχειρίζονται αποτελεσματικά τα γενικά ιατρικά προβλήματα, τα οποία θα χρειαστεί να αντιμετωπίσουν μετά την αποφοίτησή τους από το Τμήμα. Παράλληλα, τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος στελεχώνουν τα νοσοκομεία και τις λοιπές μονάδες Δημόσιας Υγείας, προσφέροντας, με τον τρόπο αυτό, ένα σημαντικό κοινωνικό έργο.
Το Τμήμα Ιατρικής διαθέτει 9 Τομείς: Ανατομίας και Παθολογικής Ανατομικής, Φυσιολογίας και Φαρμακολογίας, Βιολογικών Επιστημών και Προληπτικής Ιατρικής, Ακτινολογίας – Ιατρικής Φυσικής και Πληροφορικής, Αισθητηρίων Οργάνων, Υγείας του παιδιού, Νευροεπιστημών, Χειρουργικής και Παθολογίας.
Το Τμήμα προσφέρει οργανωμένα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών.
Το Τμήμα Ιατρικής του Α.Π.Θ., τόσο ποσοτικά, όσο και ποιοτικά, είναι μία από τις πιο σημαντικές και καθιερωμένες σχολές της Ελλάδας με 4.000 εγγεγραμμένους φοιτητές και 82 κλινικές και εργαστήρια.